Après une évaluation de l'application des outils réglementaires mis en place afin de protéger les milieux aquatiques des pollutions liées aux activités agricoles, le rapport présente les différents programmes de reconquête de la qualité des eaux brutes développés à partir de 1993. Le troisième chapitre traite des contentieux qui ont jalonné la mise en oeuvre de ces programmes et du risque financier qu'ils représentent pour l'État. Dans sa conclusion, la Cour revient sur le manque de cohérence des actions qui ont été menées et formule des recommandations susceptibles de les rendre plus efficaces.